Thực hiện công tác thanh, kiểm tra và xử lý vi phạm hành chính, 9 tháng đầu năm 2016, Thanh tra Sở GTVT Khánh Hòa đã phát hiện lập 6.460 trường hợp vi phạm TTATGT trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa với số tiền xử phạt VPHC 13.703.450.000, tước có thời hạn 677 giấy phép lái xe ô tô và 04 phù hiệu; tạm giữ 61 phương tiện.
Thực hiện kế hoạchnăm 2016, Thanh tra Sở đã tiến hành thanh tra công trình gia cố xà mũ, thân trụ cầu Bình Tân Nha Trang đúng theo kế hoạch được duyệt. Qua thanh tra đã chấn chỉnh các sai sót trong hoạt động XDCB, đã yêu cầu các đơn vị (Cty CP quản lý & XDĐB Khánh Hòa, Cty CP AN Việt, Cty TNHH 2D) nộp vào ngân sách Nhà nước với số tiền 336.650.000 đồng; đến ngày 15/9/2016 đã có 02 đơn vị (Cty CP An Việt, Cty TNHH 2D) nộp vào tài khoản tạm giữ tại Kho bạc Nhà nước Khánh Hòa với số tiền 11.530.000 đồng và Thanh tra Sở tiếp tục đôn đốc Cty CP quản lý & XDĐB Khánh Hòa thực hiện Quyết định thu hồi tiền theo đúng quy định. Thanh tra Sở cũng đã kiểm tra 20 đơn vị trong việc chấp hành các quy định về điều kiện kinh doanh vận tải trong lĩnh vực thủy nội địa, xử phạt 8 đơn vị với số tiền 14.400.000đ; kiểm tra liên ngành về việc kiểm tra hoạt động vận tải bằng ô tô đối với công ty TNHH Đầu tư và xây dựng Phan Hanh, xử phạt doanh nghiệp 35.400.000 đồng, đồng thời tiếp tục tiến hành cuộc kiểm tra 40 doanh nghiệp khác trong việc thực hiện các quy định của pháp luật về hoạt động kinh doanh vận tải.
Bên cạnh đó, Thanh tra Sở cũng phối hợp với Phòng Cảnh sát giao thông đường bộ-đường sắt Khánh Hòa (PC67), Cảnh sát cơ động (PC65) duy trì hoạt động liên tục 24giờ/ngày kiểm tra xử lý phương tiện vi phạm trên tuyến QL1A. Trong 9 tháng đầu năm 2016, lực lượng liên ngành đã xử lý 2.132 trường hợp với số tiền phạt 6.749.300.000 đồng (CSGT lập biên bản xử lý).