Mạng lưới giao thông đường thủy trên địa bàn tỉnh Sơn La hiện có 486 km, gồm hai tuyến sông chính là sông Đà và sông Mã. Những năm qua, cơ sở hạ tầng phục vụ giao thông đường thủy trên địa bàn tỉnh đã từng bước được đầu tư xây dựng phục vụ phát triển kinh tế - xã hội và nhu cầu vận tải hàng hóa, đi lại của nhân dân.
Thuyền chở các mặt hàng thiết yếu tới các phiên chợ vùng lòng hồ.
Trong hai tuyến sông chính, việc khai thác hoạt động giao thông thủy nội địa chủ yếu tập trung trên tuyến sông Đà, thuộc lưu vực lòng hồ thủy điện Hòa Bình dài 230 km và lòng hồ thủy điện Sơn La dài 186 km, do Đoạn Quản lý đường sông số 9 (Cục ĐTNĐ VN ) quản lý. Trên tuyến hiện có 3 cảng lớn, là Tà Hộc, Vạn Yên và Mường La; 2 bến phà là Vạn Yên và Nặm Ét; ngoài ra còn có 15 bến chợ, 18 điểm đón trả khách.
Để nâng cao hiệu quả công tác quản lý, khai thác hiệu quả vận tải đường thủy nội địa. Năm 2016, tỉnh đã thành lập tổ công tác phối hợp liên ngành tổ chức kiểm tra, rà soát tại 14 xã, trên địa bàn 8 huyện thuộc lưu vực lòng hồ thủy điện Hòa Bình, Sơn La. Trên địa bàn 14 xã hiện có gần 2.000 phương tiện tàu, thuyền các loại đang hoạt động, trong đó chủ yếu là phương tiện có động cơ, sức chở từ 5-12 người, hoạt động tự phát, phục vụ nhu cầu đi lại và vận chuyển hàng hóa nông sản của người dân địa phương. Qua kiểm tra cho thấy, chỉ có 161 phương tiện có đăng ký, đăng kiểm, 1.835 phương tiện chưa đăng ký, đăng kiểm và hết hạn kiểm định. Kiểm tra 1.021 người điều khiển phương tiện, chỉ có 493 người có chứng chỉ chuyên môn và Giấy phép điều khiển phương tiện. Ngoài ra, còn phát hiện 5 cơ sở đóng mới, sửa chữa hoán cải phương tiện thủy nội địa, các cơ sở này đều không có giấy phép kinh doanh, hoạt động tự phát theo mùa, không có bản vẽ thiết kế được cấp có thẩm quyền phê duyệt, chủ yếu đóng mới, sửa chữa theo kinh nghiệm và yêu cầu của người dân.
Bên cạnh đó, việc quy hoạch, đầu tư xây dựng hạ tầng phục vụ giao thông thủy nội địa cũng gặp nhiều khó khăn, ngoài việc thiếu nguồn vốn, thì nguyên nhân khách quan do mực nước lòng hồ không ổn định, chênh lệch giữa các mùa lớn. Việc khai thác tài nguyên, nuôi thủy sản, xây dựng công trình lấn chiếm hành lang luồng nguy cơ tiềm ẩn về tai nạn giao thông và ảnh hưởng đến hoạt động khai thác vận tải. Công tác phối hợp giữa chính quyền địa phương và cơ quan quản lý tuyến chưa thường xuyên trong quản lý, xử lý khi có sự cố, tai nạn. Mức phí đăng kiểm phương tiện thủy nội địa cao so với thu nhập của người dân và chưa có mẫu định hình, nhiều cơ sở đóng tàu thuyền không có giấy phép kinh doanh, đóng tàu thuyền dựa trên kinh nghiệm, dẫn đến việc đăng ký, đăng kiểm các phương tiện để quản lý gặp khó khăn. Ngoài ra, trình độ văn hóa của bà con còn hạn chế nên việc tuyên truyền, vận động chấp hành các quy định pháp luật trong hoạt động đường thủy gặp nhiều trở ngại. Hiện, vẫn còn hàng trăm bến đò ngang hoạt động tự phát, đây là những nguyên nhân tiểm ẩn nguy cơ mất an toàn giao thông đường thủy, gây khó khăn trong công tác quản lý Nhà nước về giao thông đường thủy nội địa trên địa bàn.
Mục tiêu phấn đấu đến năm 2020, toàn tỉnh Sơn La có 193 cảng, bến thủy nội địa, trong đó có 8 cảng hàng hóa và hành khách, 7 cảng chuyên dùng, 60 bến hàng hóa và hành khách, 118 bến khách ngang sông; 100% bến thuyền được đầu tư cứng hóa, đảm bảo quy định phòng cháy, chữa cháy, bảo vệ môi trường và tuân thủ các tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, đảm bảo an toàn giao thông. Hiện nay, Sở Giao thông vận tải Sơn La tăng cường phối hợp với các lực lượng chức năng đẩy mạnh công tác tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về đảm bảo trật tự ATGT. Tổ chức ký cam kết với các chủ phương tiện, người điều khiển phương tiện chấp hành nghiêm túc, đầy đủ các quy định về thủ tục hành chính và các điều kiện đảm bảo an toàn khi tham gia giao thông.
Đồng thời, tăng cường công tác kiểm tra, kiểm soát, phối hợp liên ngành kịp thời phát hiện, xử lý và ngăn chặn các hành vi vi phạm về trật tự, an toàn giao thông đường thủy. Tăng cường phối hợp với UBND các cấp, các đơn vị liên quan trong công tác quản lý và đăng ký phương tiện thủy nội địa, tổ chức các lớp tập huấn cho cán bộ chuyên trách của các huyện và các xã dọc sông hướng dẫn việc thực hiện đăng ký, đăng kiểm cho phương tiện. Tham mưu cho UBND tỉnh về kế hoạch phát triển quản lý, khai thác kết cấu hạ tầng giao thông, vận tải đường thủy, đề xuất một số cơ chế, chính sách khai thác tiềm năng vùng hồ thủy điện.
Cùng với việc thực hiện đồng bộ các giải pháp nâng cao hiệu quả trong công tác quản lý, việc đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng sẽ góp phần khai thác hiệu quả vận tải đường thủy nội địa, liên kết đồng bộ với các vùng kinh tế khác trong tỉnh, thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội, nâng cao thu nhập và đời sống của nhân dân vùng lòng hồ.