Tuyến giao thông đường thủy nội địa của Bắc Kạn chủ yếu tập trung tại huyện Ba Bể, trên tuyến sông năng và Hồ Ba Bể. Lượng hành khách hàng nghìn lượt mỗi tháng, với phương tiện vận chuyển chủ yếu bằng xuồng máy. Do vậy công tác ATGT đường thủy luôn được các cấp, ngành chức năng quan tâm.