Là tỉnh miền núi, Phú Thọ có 3 con sông lớn là sông Hồng, sông Lô và sông Đà cùng với sông Bứa, sông Chảy với tổng chiều dài 301km đáp ứng cho tất cả các phương tiện thủy từ 100 đến 400 tấn thông qua. Các sông đã hợp lưu thành một mạng lưới giao thông đường thủy phủ kín, thuận lợi cho việc vận tải hàng hóa, hành khách và giao lưu giữa các miền trong tỉnh cũng như với các tỉnh bạn.