Trên địa bàn tỉnh có 02 tuyến sông chính chảy qua là sông Hồng, sông Đáy với tổng chiều dài gần 100 km. Ở 02 tuyến sông này hiện có 13 tuyến đò ngang và trên 100 điểm bến, bãi tập kết, bốc xếp hàng hóa… với mật độ trung bình mỗi ngày khoảng 300 lượt phương tiện thủy qua lại.