Hiện nay Cảng vụ ĐTNĐ khu vực III đang quản lý 728 cảng bến, nằm rải rác trên 8 tỉnh miền Đông, miền Tây Nam bộ. Hệ thống cảng, bến thủY nội địa thường quy mô nhỏ nằm trên địa bàn rộng, do đó các Đại diện cảng vụ tại các địa phương phải dàn hết quân số đến từng bến, vào từng cảng và làm việc với từng chủ tàu, vừa làm thủ tục cảng vụ vừa tuyên truyền giáo dục pháp luật về ATGT đường thủy nội địa. Do đó trong những năm gần đây các vụ TNGT liên quan đến công tác quản lý của Cảng vụ giảm hẳn, trong khi số lượng phương tiện, cảng bến gia tăng ngày một nhiều.