Trên địa bàn tỉnh Lai Châu có 3 tuyến đường thủy gồm: Mường Tè - Sơn La; sông Nậm Na (Phong Thổ) - sông Đà; sông Nậm Mu – Bản Chát. Theo thông tin từ Ban An toàn giao thông (ATGT) tỉnh Lai Châu, hiện nay toàn tỉnh có trên 500 phương tiện có động cơ 8 mã lực trở lên chưa làm thủ tục đăng ký, đăng kiểm.