Theo Quyết định số 869/QĐ-ĐS về tổ chức hoạt động hệ thống An toàn GTĐS kèm theo Quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của tổ chức này; hệ thống An toàn GTĐS của Tổng công ty ĐSVN bao gồm Ban An toàn GTĐS, các phân ban An toàn GTĐS khu vực I, II, III; các tổ thuộc các phân ban khu vực.
Tổ chức hệ thống An toàn GTĐS có chức năng tham mưu, giúp Tổng giám đốc Tổng công ty, thủ trưởng các đơn vị quản lý, giám sát, kiểm tra, chỉ đạo, tổ chức thực hiện công tác đảm bảo an toàn GTĐS thuộc phạm vi quản lý của Tổng công ty theo quy định của Nhà nước và Tổng công ty ĐSVN.
Ban An toàn GTĐS có nhiệm vụ tổ chức triển khai, thực hiện các quy định của nhà nước và của Tổng công ty về tổ chức, hoạt động đảm bảo an toàn GTĐS. Thường trực chỉ đạo thực hiện Luật ĐS và các quy định của Nhà nước liên quan đến công tác đảm bảo an toàn GTĐS. Xây dựng, tham gia xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch cũng như nhiệm vụ, phương án, biện pháp của Tổng công ty liên quan đến lĩnh vực an toàn GTĐS. Quản lý, chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát hoạt động của các tổ chức, cá nhân làm việc tại Ban, phân ban khu vực An toàn GTĐS khu vực. Kiểm tra và phối hợp kiểm tra, phát hiện các vi phạm về an toàn GTĐS, vi phạm pháp luật, vi phạm các quy định của Tổng công ty và các hành vi tiêu cực của những tổ chức, cá nhân làm việc trong và ngoài tổ chức hệ thống an toàn GTĐS để có biện pháp xử lý hoặc kiến nghị xử lý theo thẩm quyền...
Tổng công ty cũng quy định cụ thể nhiệm vụ và quyền hạn của các phân ban an toàn GTĐS khu vực. Trong đó, Phân ban An toàn GTĐS khu vực I phụ trách các tuyến ĐS phía Bắc đến hết phạm vi quản lý của Công ty QLĐS Nghệ Tĩnh (km 405+00) và các đường nhánh có nối ray với ĐS quốc gia; gồm 4 tổ: Yên Bái, Bắc Giang, Hà Nội và Vinh.
Phân ban An toàn GTĐS khu vực II phụ trách từ phạm vi quản lý của Công ty QLĐS Quảng Bình (km 405+00) đến hết phạm vi quản lý của Công ty QLĐS Nghĩa Bình (km 1096+200) và các đường nhánh có nối ray với ĐS quốc gia; gồm 2 tổ: Đồng Hới và Đà Nẵng.
Phân ban An toàn GTĐS khu vực III phụ trách từ phạm vi quản lý của Công ty QLĐS Phú Khánh (km 1096+200) đến hết phạm vi quản lý của Công ty QLĐS Sài Gòn (km 1726+200) và các đường nhánh có nối ray với ĐS quốc gia; gồm 2 tổ: Nha Trang và Sài Gòn.
Quy định trên có hiệu lực từ 1-7-2009.
Theo ĐSO