Đường sắt Indonessia tổ chức theo ngành dọc. Cơ sở hạ tầng thuộc sở hữu Nhà nước và do Công ty quốc doanh PT Kereta Api (PT KAI) quản lý khai thác chạy tàu và một công ty mới thành lập là PT Kereta Api Jabotabek quản lý chạy tàu đô thị khu vực Jakarta. Chính phủ quy định các tiêu chuẩn kỹ thuật và các quy phạm khai thác, chỉ đạo đường sắt thông qua Tổng cục Đường sắt.