Hai đơn vị thống nhất phối hợp tổ chức kiểm tra điều kiện kinh doanh, chấp hành nghĩa vụ nộp thuế của các tổ chức, cá nhân kinh doanh vận tải đường bộ, cảng, bến thủy nội địa, bốc xếp hàng hóa không thực hiện kê khai thuế hoặc nộp thuế không đầy đủ theo số lượng phương tiện đã đăng ký.
Quy chế phối hợp góp phần nâng cao hiệu quả quản lý, nâng cao ý thức chấp hành pháp luật thuế của các tổ chức, cá nhân hoạt động kinh doanh vận tải, tăng thu cho ngân sách nhà nước.