Bên cạnh đó, Sở đã xử lý 37 vụ vi phạm trong hoạt động của cảng, bến thủy nội địa với số tiền xử phạt 351 triệu đồng. Đồng thời đã ban hành quyết định đình chỉ 28 bến thủy nội địa trái phép trên địa bàn Thành phố.
Theo Sở GTVT, hiện nay trên địa bàn Thành phố có 339 cảng, bến thủy hoạt động có phép và còn tồn tại 73 bến hoạt động không phép. Trong đó, có 45 bến thủy kinh doanh vật liệu xây dựng (12 bến nằm trong hành lang bảo vệ cầu, luồng chạy tàu… không thể cấp phép và 33 bến chưa có các thủ tục pháp lý), 10 bến thủy không hoạt động thường xuyên (đưa rước hành khách ra tàu biển), 30 bến thủy bơm cát hoạt động thời gian ngắn. Tổng số 339 cảng, bến thủy hiện có 244 cảng bến ký cam kết kiểm soát tải trọng.
Trong năm 2016, Thanh tra Sở GTVT đã xử lý 1.798 trường hợp vi phạm với số tiền hơn 2,8 tỷ đồng. Đồng thời, ban hành quyết định đình chỉ 228 bến thủy nội địa trái phép.