Theo đó, buýt đường sông sẽ được vận hành với lộ trình cố định như tuyến số 1 đi theo lộ trình từ bến Bạch Đằng, quận 1 đến bến phà Linh Đông, quận Thủ Đức. Tuyến này có chiều dài khoảng 10,8 km với 7 trạm dừng thuộc địa bàn các quận 1, 2, Bình Thạnh và Thủ Đức.
Còn tuyến số 2 chạy theo lộ trình từ bến Bạch Đằng đến Lò Gốm, quận 8 với chiều dài 10,3km, chạy qua Sài Gòn, kênh Bến Nghé, Tàu Hủ thuộc địa bàn các quận 1, 4, 5, 6 và 8. Giá vé được áp dụng 15.000 đồng/người/lượt.
Theo chủ đầu tư, trước khi chính thức đi vào hoạt động khai thác, tuyến buýt sông được vận hành kỹ thuật (chạy thử nghiệm) trong thời gian 1 tháng kể từ ngày 30/6 đến 30/7.