Tuyến đường sắt Hà Nội - Thái Nguyên chạy qua địa bàn huyện Phổ Yên dài 16km; trong đó giao cắt với 9 đường ngang chưa có rào chắn hoặc đèn tín hiệu để báo cho người tham gia giao thông. Ngoài ra, còn có 21 đường dân sinh giao cắt trái phép với đường sắt. Đây là những nguy cơ tiềm ẩn xảy ra tai nạn giao thông bất cứ lúc nào.