Tại khu vực thi công cầu Vàm Trà Lọt có bố trí hệ thống báo hiệu đường thủy nội địa và lực lượng điều tiết, khống chế hướng dẫn giao thông thủy đảm bảo phù hợp theo từng giai đoạn thi công. Các phương tiện thủy khi lưu thông đến khu vực này tuyệt đối tuân thủ theo hướng dẫn của hệ thống báo hiệu đường thủy nội địa và sự hướng dẫn của lực lượng điều tiết, khống chế hướng dẫn giao thông thủy để đảm bảo an toàn giao thông thủy tại hiện trường.
Thời gian hạn chế được áp dụng cho đến khi công trình cầu Vàm Trà Lọt hoàn thành và hệ thống biển báo hiệu giao thông thủy được tháo dỡ (dự kiến tháng 10/2020).