Mục tiêu tổng quát của Cục ĐTNĐ trong năm 2013 là nâng cao chất lượng, huy động và sử dụng có hiệu quả các nguồn lực, cải thiện mạnh mẽ môi trường đầu tư; tiếp tục nỗ lực phấn đấu kiềm chế và đẩy lùi TNGT đường thủy nội địa; thực hiện tốt chức năng quản lý nhà nước về chuyên ngành GTVT ĐTNĐ trên phạm vi cả nước.
Theo đó, Cục ĐTNĐ sẽ hoàn thành việc xây dựng Dự án sửa đổi, bổ sung một số điều Luật giao thông ĐTNĐ đúng tiến độ; đảm bảo 100% các VBQPPL được trình đúng thời hạn; tiếp tục thực hiện các giải pháp kiềm chế TNGT, phấn đầu TNGT giảm từ 5 - 10% trên cả 3 tiêu chí; đảm bảo 100% bến khách ngang sông được ký cam kết đảm bảo ATGT ĐTNĐ; phấn đấu thu phí, lệ phí cảng vụ ĐTNĐ đạt 100% theo kế hoạch được giao; các công trình xây dựng cơ bản giải ngân 100% kế hoạch; thực hiện việc luân chuyển cán bộ đạt 150 lượt/ năm; 100% TTHC được giải quyết đúng thời hạn theo quy định.
Các nhiệm vụ trọng tâm sẽ tập trung vào công tác xây dựng đề án, VBQPPL; đảm bảo TTATGT, phòng chống lụt bão và tìm kiếm cứu nạn; vận tải, quản lý cảng, bến thủy nội địa; tổ chức cán bộ, đào tạo; đầu tư xây dựng cơ bản; quy hoạch, kế hoạch, tài chính; đăng ký phương tiện, đào tạo thuyền viên; cải cách hành chính; Khoa học công nghệ, hợp tác quốc tế và môi trường.
Để thực hoàn thành các mục tiêu để ra, Cục ĐTNĐ cũng đưa ra các giải pháp cơ bản như: Đẩy mạnh cải cách hành chính nhằm nâng cao hiệu lực, hiệu quả công tác tác, quản lý chỉ đạo, điều hành trong quản lý ngành; triển khai tích cực giai đoạn II Đề án 30 của Chính phủ - Đơn giản hóa TTHC trong lĩnh vực quản lý nhà nước ngành GTVT ĐTNĐ; các đơn vị tiếp tục rà soát quy chế làm việc, quy chế phối hợp nhằm tăng cường kỷ luật, kỷ cương hành chính; phòng chống các biểu hiện tham nhũng gây khó khăn, phiền hà cho người dân và đơn vị.
Bên cạnh đó, Cục sẽ tiếp tục đổi mới, nâng cao hiệu lưc, hiệu quả chỉ đạo điều hành của Cục, Chi Cục theo hướng đi sâu, đi sát, quyết liệt hơn, bám sát từng nhiệm vụ, từng mục tiêu cụ thể trong chỉ đạo, giải quyết công việc; tăng cường công tác thông tin tuyên truyền, phát huy hiệu quả các kênh thông tin, báo cáo phục vụ vông tác quản lý; xem xét, điều chuyển một cách cơ bản cán bộ chủ chốt tại phía nam để nâng cao hiệu quả quản lý, điều hành, khắc phục hiện tượng đơn thư tại phía Nam,
Ngoài ra, cần phối hợp chặt chẽ giữa Cục, Chi Cục với các đơn vị trong toàn ngành để kịp thời tháo gỡ các khó khăn về cơ chế, kinh phí, xử lý nợ đọng… nhăm nâng cao năng lực bộ máy và hiệu quả công tác.
K.A