Trong giai đoạn từ năm 1986 đến năm 1995, do đất nước vẫn đang bị bao vây cấm vận, ngân sách Nhà nước hết sức khó khăn nên Ngành GTVT tập trung chủ yếu nguồn lực cho công tác duy tu bảo dưỡng để đảm bảo an toàn giao thông và triển khai xây dựng một số công trình thực sự cấp bách.
Quốc lộ 5 Hà Hội - Hải Phòng
Trong giai đoạn này, Bộ GTVT đổi tên thành Bộ GTVT và Bưu điện sau khi Tổng cục Bưu điện và Cục Hàng không dân dụng sáp nhập vào Bộ GTVT. Một số nhiệm vụ chính của Bộ GTVT và Bưu điện trong giai đoạn này là: (1) Về vận tải: Tập trung chỉ đạo các ngành vận tải kiên quyết thực hiện mục tiêu vận tải đối với các mặt hàng quan trọng trong nền kinh tế như than, phân bón, hàng xuất nhập khẩu; đồng thời phục vụ các nhu cầu đời sống xã hội như: lương thực, hàng tiêu dùng thiết yếu, hàng lên miền núi ... (2) Trong sản xuất công nghiệp tập trung nâng cao chất lượng sản phẩm, áp dụng tiến bộ kỹ thuật để nghiên cứu, thiết kế và sản xuất những mặt hàng mới như trạm trộn nhựa, lu bánh lốp, lu diezen và tập trung vào hai khâu lớn là sửa chữa tàu biển, phương tiện thiết bị công trình lắp ráp ô tô, sửa chữa đầu máy và đóng toa xe ... (3) Về xây dựng cơ bản: kiên quyết dành vốn và các điều kiện khác cho những công trình trọng điểm và các công trình có khả năng hoàn thành để đưa vào khai thác. Công tác duy tu, quản lý đường bộ, chất lượng công trình được coi trọng. (4) Về thông tin liên lạc: Hoàn thành một số tuyến vi ba từ Hà Nội đi các tỉnh và nhất là công tác thông tin phục vụ hoạt động của lãnh đạo Đảng, Nhà nước, các kỳ họp Quốc hội.
Khánh thành cầu Phong Châu (Vĩnh Phú) ngày 28/7/1995
Trong 10 năm đầu quá trình đổi mới, ngành đường bộ đã hoàn thành một số tuyến đường, cây cầu có tầm vóc lớn, góp phần phát triển kinh tế xã hội như: cầu Bến Thuỷ, Thái Bình, Yên Bái, Đò Quan, Việt Trì, Tràng Tiền, Phong Châu... ; các quốc lộ như QL1, QL5, QL80, QL24. Nhiều đô thị mới cũng đã mọc lên dọc theo các tuyến đường. Giao thông miền núi, giao thông nông thông trong giai đoạn này cũng bắt đầu khởi sắc. Nhờ sự đầu tư của Nhà nước kết hợp với ngân sách địa phương và sức dân, hàng ngàn con đường liên huyện, liên xã... đã được mở ở nhiều nơi từ Bắc - Trung - Nam, tạo ra mạng lưới giao thông trải rộng trên khắp đất nước
Thủ tướng Võ Văn Kiệt, Bộ trưởng Bộ GTVT Bùi Danh Lưu
đến dự lễ thông xe cầu Việt Trì ngày 25/5/1995
Đối với đường sắt, những kỳ tích đặc biệt về tần suất và thời gian chạy tàu cũng được lập nên trong giai đoạn này nhờ việc đầu tư nâng cấp, đóng mới phương tiện và cải thiện trình độ quản lý.
Đặc biệt, ngành Hàng không dân dụng từ năm 1990 đã có sự phát triển cực kỳ nhanh chóng. Từ chỗ chỉ có các máy bay thế hệ cũ của Liên Xô (trước đây) như TU, AN..., đội máy bay của Vietnam Airlines lần đầu tiên đã mạnh dạn thuê 10 chiếc máy bay Airbus A320 và mua các máy bay như ATR72, Fokker70 để đưa vào khai thác. Đây là những loại máy bay rất hiện đại lúc bấy giờ, làm thay đổi hẳn bộ mặt của hãng hàng không quốc gia Việt Nam. Cùng với việc đổi mới máy bay, các điểm đến của hàng không Việt Nam trong giai đoạn này cũng phát triển hết sức ấn tượng, cả trong nước và quốc tế. Thị trường hàng không Việt Nam trở nên sôi động và có tốc độ phát triển rất nhanh, có năm lên tới trên 40%.
Cầu Mỹ Thuận - cây cầu dây văng lớn nhất Đông Nam Á
Các lĩnh vực quan trọng khác của Ngành GTVT như vận tải biển quốc tế, nội địa cũng được đầu tư hàng ngàn tỷ đồng để mở rộng các cảng; đóng mới và sửa chữa các tàu vận tải lớn. Hệ thống các doanh nghiệp thuộc Bộ có vai trò rất quan trọng trong việc sản xuất công nghiệp GTVT với việc hàng năm tạo ra hàng ngàn tỷ đồng lợi nhuận, không chỉ đóng góp và ngân sách Nhà nước mà còn góp phần vào tái đầu tư, mở rộng hoạt động của ngành trong chế tạo, lắp ráp, xây dựng công nghiệp GTVT.
Hầm đèo Ngang do Tổng công ty Tư vấn thiết kế GTVT
tư vấn khảo sát và giám sát xây dựng.
Về mặt tổ chức, năm 1992, ngành Bưu điện và ngành Hàng không tách ra khỏi Bộ GTVT. Tuy nhiên, đến năm 2003, Cục Hàng không dân dụng trở lại trực thuộc Bộ GTVT.
Theo Nghị định 34/2003/NĐ - CP ngày 04/4/2003 của Chính phủ thì hiện nay tổ chức Bộ GTVT gồm có các Vụ, Văn phòng Bộ, Thanh tra Bộ ; các Cục: Đường bộ, Đường sắt, Đường sông, Hàng hải, Hàng không, Đăng kiểm, Giám định và Quản lý chất lượng công trình giao thông (nay là Cục Quản lý chất lượng và xây dựng công trình giao thông). Ngoài ra là một số đơn vị sự nghiệp (Viện, trường, báo, tạp chí, Sở Y tế...) và các doanh nghiệp.
Đường cao tốc Pháp Vân - Cầu Giẽ