Đây là một đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở GTVT, có nhiệm vụ giúp sở thực hiện công tác quản lý Nhà nước về lĩnh vực vận tải thủy nội địa trên địa bàn.
Theo ông Lê Văn Trung, Giám đốc Sở GTVT thành phố, việc ra đời Cảng vụ Đường thủy nội địa sẽ giúp công tác quản lý Nhà nước về vận tải đường thủy trên địa bàn thành phố đi vào nền nếp và quy củ hơn. Đặc biệt, trong bối cảnh thành phố đang phát triển mạnh loại hình dịch vụ vận tải khách du lịch trên sông Hàn như hiện nay, rất cần có một cơ quan chức năng quản lý chuyên ngành như Cảng vụ sẽ là điều kiện tốt cho cả du khách lẫn các đơn vị kinh doanh vận chuyển tuyến thủy nội địa trên địa bàn.