Thực hiện quyết định của Bộ Giao thông vận tải, năm 2009, Cảng Nghệ Tĩnh được chuyển nguyên trạng từ Cục Hàng hải Việt Nam về làm đơn vị thành viên Tổng công ty Hàng hải Việt Nam. Trong 2 năm (2014-2015), thực hiện Đề án tái cơ cấu Tổng công ty giai đoạn 2012-2015, Cảng Nghệ Tĩnh với sự hỗ trợ của Tổng công ty đã thực hiện cổ phần hóa thành công và chuyển sang hoạt động theo mô hình Công ty cổ phần Cảng Nghệ Tĩnh với tỷ lệ nắm giữ của Vinalines là 51%, nhà đầu tư chiến lược 18,10%, còn lại là cổ phần ưu đãi bán cho người lao động cam kết làm việc lâu dài tại Công ty.
Sau gần 1 năm thực hiện các nội dung cổ phần hóa theo quy định của Nhà nước, đến nay, Cảng Nghệ Tĩnh đã chính thức chuyển đổi sang Công ty cổ phần Cảng Nghệ Tĩnh. Với những kết quả đã đạt được trong năm 2015 (sản lượng hàng hóa thông qua cảng tăng 9%, doanh thu đạt 155 tỷ đồng), bước sang năm 2016, tập thể lãnh đạo, cán bộ, CNVCLĐ, đoàn viên công đoàn Cảng sẽ tiếp tục phấn đấu thi đua lao động, sản xuất, công tác để hoàn thành các chỉ tiêu kế hoạch SXKD năm 2016, góp phần duy trì ổn định và phát triển bền vững thương hiệu Cảng Nghệ Tĩnh trong giai đoạn mới.