Đôi tàu được tổ chức chạy trên cơ sở hành trình của đôi tàu Sài Gòn – Nha Trang – Sài Gòn kéo dài hành trình đến ga Tuy Hòa.
Cụ thể, tàu SNT6 xuất phát Sài Gòn kể từ ngày hôm nay (19/7) và tàu SNT9 xuất phát Tuy Hòa kể từ ngày 20/7/2016. Tàu SNT6 xuất phát ga Sài Gòn lúc 21h25, đến ga Tuy Hòa lúc 9h39 hôm sau. Tàu SNT9 xuất phát ga Tuy Hòa lúc 17h25, đến ga Sài Gòn lúc 8h15 hôm sau.
Tàu dừng đón, tiễn khách tại các ga: Sài Gòn, Biên Hòa, Bình Thuận, Tháp Chàm, Nha Trang, Ninh Hòa, Tuy Hòa. Riêng tàu SNT6 dừng thêm ga Cà Ná để đón, trả khách.
Ngoài ra, kể từ ngày 20/7, Công ty Vận tải Đường sắt Sài Gòn sẽ ngưng chạy tàu SNT3 chạy tuyến Nha Trang - Sài Gòn. Hành khách có vé SNT3 sẽ chuyển sang tàu SE7 khởi hành tại ga Nha Trang lúc 8 giờ 35 phút cùng ngày.