Cụ thể, vốn bổ sung là 110,80 triệu USD, trong đó vốn vay IDA của WB là 82,34 triệu USD, vốn đối ứng 28,46 triệu USD. Tổng mức đầu tư của dự án sau khi bổ sung vốn là 320,88 triệu USD trong đó vốn IDA 253,03 triệu USD, đối ứng 67,85 triệu USD.
Các hạng mục sử dụng nguồn vốn bổ sung là đào mới dẫn nối sông Đáy với sông Ninh Cơ và xây dựng âu tàu cho tàu pha sông biển trọng tải từ 2.000 DWT đầy tải và đến 3.000 DWT giảm tải có thể đi từ sông Ninh Cơ sang sông Đáy và ngược lại.
Xây dựng cầu Đáy - Ninh Cơ vượt kênh để hoàn trả sự lưu thông liên tục của Tỉnh lộ 490C giữa hai bên kênh sau khi đào kênh cắt ngang qua.
Đồng thời xây dựng hoàn trả các công trình hiện hữu khi đào kênh (hệ thống điện cao thế, thông tin liên lạc, hệ thống kênh mương thủy lợi...) và các công trình tạo cảnh quan môi trường.
Địa điểm thực hiện khoản vay bổ sung là tỉnh Nam Định. Thời gian thực hiện khoản vay bổ sung là 2 năm kể từ ngày ký khoản vay bổ sung.
Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan hoàn thiện văn kiện dự án, phê duyệt đầu tư và triển khai thực hiện dự án, trong đó cần tính toán kỹ suất đầu tư và giảm chi phí thông qua đấu thầu, bảo đảm việc sử dụng vốn vay hiệu quả và đúng tiến độ.
Bộ Giao thông vận tải ưu tiên bố trí vốn đối ứng cho dự án từ nguồn vốn được phân bổ trong khuôn khổ kế hoạch đầu tư trung hạn 2016-2020 của Bộ Giao thông vận tải.
Dự án "Phát triển giao thông vận tải khu vực đồng bằng Bắc Bộ" được thực hiện tại 15 tỉnh, thành phố khu vực Đồng bằng Bắc bộ, bao gồm Hà Nội (gồm cả Hà Tây cũ), Hà Nam, Hải Phòng, Ninh Bình, Nam Định, Thái Bình, Hưng Yên, Hải Dương, Bắc Ninh, Bắc Giang, Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Tuyên Quang và Quảng Ninh.
Dự án sẽ góp phần nâng cao năng lực quản lý và nâng cấp phát triển cơ sở hạ tầng 2 tuyến đường thủy chính ở miền Bắc Việt Nam: Tuyến Đông Tây (giữa Việt Trì với Quảng Ninh) và tuyến Bắc Nam (giữa Hà Nội và sông Lạch Giang); cải tạo cửa sông Ninh Cơ, cải tạo kênh nối giữa sông Đáy và sông Ninh Cơ; xây dựng mạng lưới phà hiện đại, đặc biệt tại khu vực cảng Việt Trì và cảng Vĩnh Phúc…