Do đó, trong quá trình phối hợp quản lý hoạt động vận tải trên tuyến giữa Sở GTVT với Cảng vụ Hàng hải Quảng Ngãi và các cơ quan liên quan có sự chồng chéo về trách nhiệm, chưa có cơ quan chịu trách nhiệm chính thức về tổ chức vận tải phục vụ hành khách, nên chất lượng dịch vụ vận tải chưa đáp ứng nhu cầu đi lại của hành khách; tình trạng chậm chuyến, không thực hiện đúng biểu đồ, lịch chạy tàu, không thực hiện đúng cam kết về chất lượng dịch vụ thường xuyên xảy ra...
Vì vậy, Sở GTVT đề nghị UBND tỉnh kiến nghị Bộ GTVT xem xét, quyết định giao cho Sở GTVT Quảng Ngãi quản lý nhà nước đối với hoạt động vận tải đường thủy nội địa tuyến Sa Kỳ - Lý Sơn thuộc tỉnh theo đúng quy định, nhằm nâng cao chất lượng vận tải trên tuyến.