Dự kiến, quá trình thi công ga S12 sẽ phải rào chắn đường Trần Hưng Đạo với tổng chiều dài 202m; đồng thời thu hẹp lòng đường đoạn từ nút giao Lê Duẩn đến đối diện tòa nhà Ngân hàng Đại Dương còn lại 5m để tổ chức giao thông theo một chiều từ hướng Lê Duẩn đi vào Quán Sứ.
Trong thời gian rào chắn, Sở Giao thông vận tải sẽ chủ trì, phối hợp với Công an thành phố, UBND quận Hoàn Kiếm, Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội và các đơn vị liên quan thực hiện phương án tổ chức giao thông, phân luồng giao thông một cách linh hoạt nhất.