Là cơ quan tham mưu của Phú Thọ trên các lĩnh vực về GT-VT, chức năng nhiệm vụ của Sở ngoài vai trò quản lý Nhà nước chung còn trực tiếp quản lý 11 lĩnh vực công việc với tổng số 24 thủ tục hành chính. Trong đó có một số lĩnh vực khá nhạy cảm như: Cấp, đổi giấy phép lái xe; đăng ký khai thác tuyến vận tải hành khách; thẩm định thiết kế công trình giao thông… Ngoài ra còn có một số lĩnh vực khác cũng do ngành chỉ đạo, quản lý như tổ chức học, thi lấy giấy phép lái xe, tàu thuyền.