Là một đơn vị có chức năng tham mưu cho Bộ công tác chăm sóc sức khỏe cho toàn bộ lực lượng người lao động trong toàn ngành Giao thông vận tải, Cục Y tế GTVT đã tập trung tham mưu cho Bộ ban hành các văn bản chỉ đạo đối với công tác chăm sóc sức khỏe tại các nhà máy, xí nghiệp, công trình GTVT. Cục đã phối hợp chặt chẽ với các Giám đốc doanh nghiệp, đơn vị trong việc kiểm tra và thực hiện thắng lợi các tiêu chí về ATLĐ, bảo vệ môi trường lao động, phòng chống cháy nổ, với mục tiêu chung là chăm sóc sức khỏe người lao động gắn với nâng cao năng suất hiệu quả sản xuất của đơn vị. Tính đến hết năm 2012 tổng số đơn vị do Cục Y tế GTVT quản lý công tác chăm sóc sức khỏe là 561 đơn vị với số lượng người lao động là 212.956 người. Trong đó số người tiếp xúc với môi trường lao động nặng nhọc và độc hại rất cao: 33.628 người tiếp xúc với bụi, 43.601 người tiếp xúc với tiếng ồn cao, 29,56 người tiếp xúc với rung xóc và 13.486 người tiếp xúc với các loại hơi khí độc. Do địa bàn trải rộng khắp toàn quốc từ đồng bằng tới miền biên giới hảỉ đảo, các công trình giao thông trọng điểm ở vùng sâu, vùng xa nên công tác chăm sóc sức khỏe cho người lao động, phòng chống bệnh nghề nghiệp, phòng chống cháy nổ đảm bảo an toàn cho người lao động gặp không ít khó khăn.

Cán bộ y tế GTVT khám chữa bệnh cho công nhân đèn biển tại đảo Trường Sa Lớn
Để quản lý, chăm sóc sức khỏe người lao động trên các công trình GTVT một cách có hiệu quả, Cục Y tế Giao thông vận tải đã chỉ đạo và giao nhiệm vụ cho Trung tâm Bảo vệ sức khỏe lao động và môi trường, các Chi nhánh Trung tâm Bảo vệ sức khỏe lao động và môi trường tại các bệnh viện GTVT, các Trung tâm Y tế chuyên ngành, Quản lý theo khu vực vùng, miền và theo khu vực chuyên ngành; quản lý cụ thể từng đầu mối đơn vị, nắm chắc y tế cơ sở đóng trên địa bàn thuộc phạm vi đơn vị mình quản lý. Hàng năm Cục Y tế Giao thông vận tải yêu cầu Trung tâm Bảo vệ sức khỏe lao động & môi trường và các Chi nhảnh tổ chức giao ban với y tế cơ sở để đánh giá công tác an toàn vệ sinh lao động, công tác chăm sóc sức khỏe người lao động, lắng nghe ý kiến phản hồi của y tế cơ sở, của các doanh nghiệp để cùng phối hợp giải quyết.
Để đẩy mạnh công tác y học lao động Cục đã giao các chỉ tiêu y tế dự phòng cho các đơn vị trong đó có kiếm định môi trường lao động, thanh khiết môi trường, khám sức khỏe định kỳ và khám phát hiện bệnh nghề nghiệp.
Hiện nay, hệ thống y tế cơ sở tại các doanh nghiệp trong toàn ngành đang được củng cố, hoàn thiện và hoạt động có hiệu quả, hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ được giao trong công tác tuyên truyền, huấn luyện về an toàn vệ sinh lao động. Đối với công tác giám sát môi trường lao động, Cục đã kiểm định được 106 cơ sở sản xuất, phát hiện các mẫu đo không đạt tiêu chuân vệ sinh cho phép và đã kiến nghị các đơn vị có các giải pháp bảo vệ sức khỏe người lao động. Cục thường xuyên chỉ đạo tổ chức tốt công tác khám sức khỏe định kỳ, khám phát hiện bệnh nghề nghiệp.
Với đặc thù của ngành GTVT là các công trình được xây dựng trên khắp mọi miền của đất nước, Cục đã chỉ đạo các đơn vị triển khai phòng chống sốt rét, sốt xuất huyết tại khu vực miền Trung và Tây Nguyên, tuyên truyền phòng chống, cấp phát thuốc, hóa chất, vật tư chống sốt rét, tổ chức các lớp tập huấn về chuyên môn nghiệp vụ công tác hướng dẫn, chẩn đoán và điều trị sốt xuất huyết tại 05 khu vực trong toàn ngành để nhân viên y tế cập nhật kiến thức sẵn sàng cho công tác phòng chống dịch bệnh.
Ngoài ra, Cục còn phối hợp với Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế) kiểm tra các bếp ăn tập thể, các cơ sở sản xuất phục vụ xuất ăn sẵn trên các phương tiện giao thông, hướng dẫn tuyên truyền về phòng chống ngộ độc thực phẩm và các bệnh truyền qua thực phẩm tại 6 trường chuyên nghiệp và dạy nghề trực thuộc Bộ Giao thông vận tải.
DT